在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
内详
周元为提升实力，决定和夭夭、吞吞前往圣迹之地夺取大机缘。路上偶遇万兽王朝的小郡主绿萝、剑王朝的剑瞎子李纯钧、左丘家族的妖女左丘青鱼等天骄，结为好友。同时，周元的一生之敌、蟒雀吞龙的蟒、大武太子武煌，也来到圣迹之地。双龙相会，风云变色。圣迹之地的造化之争开启，周元与小伙伴们一起挫败了东玄大陆的阴谋，并在随后一对一的战斗中，怒战仇敌武煌，夺回原本属于自己的圣龙气运。
重生醒来，林雅夕又回到车祸的前一小时，尝尽前世心酸悲凉的她誓要改变命运。上一世未婚夫和绿茶把她的婚姻和生活判了死刑，这一世看她如何搅得天翻地覆。暗中观察的陈翊，竟然对林雅夕有了特别的关心，这个无处不在的腹黑男人，到底有什么秘密。看纨绔草包小公主翻身成为霸道娇妻，携手腹黑男主一路踩渣男，踢茶女，相爱相杀甜蜜一生。
女王曼多拉认为人类是自私而丑陋的，就算一时好心帮助朋友也是善变的。而店长辛灵仙子则相信人类是美丽善良的。她们发起了新的赌注。女王以铁希的生命诱惑文茜，逼她说出了辛灵藏在仙境的大门位置。虽然女王无法破除咒语前往人类世界，却能在大门设下陷阱。为了修正冰公主的冰封术，让舒言重新生长，叶罗丽战士们一起回到了仙境。没想到刚到陷阱，就步入了女王精心准备的陷阱，她们被女王分别封入了镜空间。
跟猪猪侠星航志同道合的新能源引擎专家马力博士，加入超星车队帮助突破雷普森集团的技术封锁。赛车上的对手个个实力强劲，无论半决赛的出师不利还是星航的昔日师兄投身敌营，都予以超星车队不小的打击。猪猪侠星航重拾信心，迎难而上，最终登上比云山颁奖台，也粉碎了雷普森集团
暂别苍风帝国，云澈来到神皇帝国开始新的冒险，意外与凤凰神宗弟子结下梁子，同时也结识了凤凰神女，雪公主，凤雪儿，又遭鬼影圣手花铭海跟踪，不打不相识。天玄七国排位战开始，云澈动身参战，这将是云澈展现实力的新舞台，还是陷入恶斗的苦战场？云澈身藏的凤凰血脉，又将在神凰帝国引发何等风波？风云诡谲，尽在云澈一念之间。
