平凡小捕快年(黄智贤)为揭穿骗子天(张家辉)的真面目，在一次误打误撞下杀死了妖道的义子。原来年乃脚踏七星之士，是唯一能接掌道教天师一位的人。妖道得悉其身份后，便派出荷抱子(刘锦玲)亲近之，欲置他于死地。年屡次身陷险境，幸得玄丹子(徐濠萦)多番出手相助，才安然无恙。
　　另一方面，年一直倾慕富家小姐菁菁(滕丽明)，所以对于接掌天师一事，不感兴趣。后菁被父逼婚，遂随年浪迹江湖，感情突飞猛进。而一直暗恋菁的天为成全二人，毅然放弃，后与玄丹子展开另一段爱情...
　　不久，荷抱子身份遭识破，年晴天霹雳，但仍处处维护她，更与菁菁等反目，究竟夹于正邪两女之间，年会如何抉择？

　　余家聪（刘俊谦 饰）是一位对哲学充满热情的青年，在大学期间，为了写博士论文，他尝试了灵性药物，但却被骗子欺骗，失去了与母亲的唯一一张合照。后来，家聪找到了在当天扮演萨满的女孩，竟然是他的童年玩伴林楚凝（蔡思韵 饰），但楚凝坚称自己未参与那次活动。更令人难以置信的是，楚凝声称自己能够进入照片世界。家聪带着疑问，与楚凝展开了一段奇幻冒险之旅。
　　那边厢，在北海道发生交通事故后，以撒（吴海昕 饰）进入了平行时空之中。在这个时空里，余家聪对她毫无印象，甚至变成了一名小说家。原本打算放下一切的以撒，却发现这个时空的余家聪竟然写出了关于他们在旧时空中的故事。

　　民国初年社会动荡不安，军阀割据导致民不聊生。一张遗落世间的藏宝图引来袁世凯部下督军、日本特务、革命党人等各方势力的秘密追踪。南方政府特务沈玉茹（周慧敏饰）为追查这张藏宝图的下落而潜入戏班。在争夺藏宝图的争斗中，玉茹目睹父亲被射杀，悲痛异常的她意外失足跌倒导致失忆，流落街头。
　　时值小四喜坤班师傅沈铁兰（罗乐林饰）带团返回北平，救下玉茹并纳入门下，改名为沈菊仙，与师姐尚菊笙（梁佩玲饰）、张菊秋（许秋怡饰）和阮菊玲（何美钿饰）同为师姐妹。然而师姐们对菊仙心存成见，处处排挤刁难她。一次意外，让菊笙芳心暗许富家少爷乔浩光（陈锦鸿饰），而浩光已心有所属一见钟情的菊仙，这导致菊笙与菊仙的关系更加紧张。而后，菊仙幸得当时花旦名角梅芷苓（罗文饰）及高一鸣（盖鸣晖饰）的提携，终于与众师姐妹令女京戏班得以吐气扬眉。而此时的菊仙，也开始慢慢恢复以往的记忆。

观月邨”老板张冠(刘兆铭)看中舞小姐朱凤凰(陈秀珠)，后凤凰答允冠做其黑市情人，却为冠的同父异母之弟张义(夏雨)所悉，但鉴于冠妻叶香琴(南红)的凶悍及妾侍周君丽(卢宛茵)的可怜，只好代冠顶冒，不料竟弄假成真，使兄弟二人反目。另一方面冠与君丽所生的次子张家乐(王书麒)与同父异母之兄张家树为争夺梅晶晶之垂青而交恶，冠与家树遂联手迫义和家乐离开“观月邨”。义与家乐为生计遂自创“阿二粉丝”，谁料一开业便生意滔滔，相反“观月邨”的生意则一落千丈，快要清盘，最后幸得义和家乐联手力挽，祖业得以保存，而二人亦为“亚二一族”吐了一口乌气!

　　华京生（黄秋生 饰）的母亲死后，父亲再娶了林莲好（吕有慧 饰）为妻，林莲好生下了华京生同父异母的弟弟华港生（吴岱融 饰）。华京生和家人的关系一直不好，在设计逼走林莲好之后，个性叛逆而又倔强的他和好友李劲泉（郑浩男 饰）一起前往台湾，加入了当地的黑帮。哪知道此时黑帮老大的情妇，正是他曾经的后母林莲好，而她的儿子鲁德培（郑伊健 饰）也在帮派之中。
　　那边厢，个性懦弱而又胆小的华港生为了证明自己的能力，成为了一名警察，进入了鲁德培领导的黑帮做卧底，而不知华港生真实身份的鲁德培，竟然爱上了自己同母异父的兄弟。

　　降龙（梁荣忠 饰）、哮天犬（何宝生 饰）和玉女（梁小冰 饰）因触犯了天条而被贬入凡间，他们必须经历人间的种种悲欢离合，行善积德，才能重返天庭。降龙和哮天犬投胎来到了李太医家中，成为了修元与释元，玉女则由一位姿色可人之女子变成了人人不忍侧目的丑八怪纪柔。
　　释元生得一表人才，又极富聪明才智，从小到大都是亲戚朋友们宠爱的对象，而修元则要愚笨的多，整个人呆呆傻傻，一窍不通。一次偶然中，修元在机缘巧合之下重获了前世的超人能力，因此渐渐获得了众人的赏识和信赖，而他和释元之间的关系则因为两人同时爱恋上了纪柔而变得紧张起来。

　　一直以来都和丈夫凌浩良（关礼杰 饰）恩爱有加的薛子瑶（袁咏仪 饰）怎么也无法相信，凌浩良竟然和一名叫方卓玲（汤盈盈 饰）的陌生女子双双死于座驾之中。可是，无论媒体怎样渲染和夸大此案件，坚强的薛子瑶依然坚定的相信丈夫的清白和忠贞。一位名叫饶立天（苗侨伟 饰）的男子找到了薛子瑶，原来，饶立天是方卓玲的丈夫，他和薛子瑶一样坚信着妻子的无辜。
　　经由朋友徐若愚（陈国邦 饰）的介绍，需要工作来补贴家用的薛子瑶进入了他的公司，随着时间的推移，薛子瑶渐渐发现这个公司隐藏了某些不可告人的秘密。更让薛子瑶感到震惊的是，凌浩良的死似乎与这些秘密息息相关。

　　胡力弘，东骏汇泰财务集团主席胡贯庭之独子，年方三十已位居集团副行政总裁之位。胡贯庭与其集团行事低调，家财丰厚而不可测，可称城中「隐形富豪」。胡力弘是父亲眼中的接班人，但这位「人中之龙」竟然在某次警方查禁的士高时，让现身怀违禁药物，更验出服食过禁药而被捕，结果被判社会服务令。
　　原来，力弘虽然是众人艳羡的富家子、年青富豪，但却是生活在一个充满虚伪、铜臭和孤独的铁笼之中。力弘从小与父亲贯庭关系疏离，父子关系犹如教官和学员，缺少亲厚的接触。自从母亲去世后，力弘最亲的是孻叔贯泽，贯泽会和力弘一起嬉笑玩耍，而贯庭则一个劲儿的对力弘要求成绩。在力弘十二岁的时候，贯泽更离开了胡家，贯庭将力弘送往寄宿学校，以图训练力弘的独立。然而，结果却造成父子关系更加疏离、冷漠。
　　力弘学成回来，贯庭视之为集团接班人，力弘也逐渐忘记当日和贯泽一起的自由快乐日子，努力满足父亲的要求，在集团工作中一次又一次表现出色，换来的不是贯庭的赞赏，而是在集团里的擢升。集团多年来和裘永亨裘莉父女的律师楼合作无间，裘家既是胡家的世交，裘莉和力弘也是青梅竹马的关系，一个是年青富家子、长袖善舞的集团接班人，一个是能干而善解人意的女律师，顺理成章也就成了众人眼中的一对金童玉女。
　　力弘面对父亲严峻的要求，不但想达到父亲的标准，甚至想超越父亲，这种压力终于去到一个爆发的边缘。集团其中一个客户「时代日报」，因为过期还款，面临被集团清盘破产，社长郑家昌与力弘乃同校师兄弟，向力弘求取一个延期还款的宽限期，但力弘在父亲的压力下，只得拒绝客户所求。想不到郑家昌竟因被逼到绝路而自杀。多年朋友生死未卜，但力弘自感成了间接的杀人凶手，不但内咎，更对家族、父亲的行事标准、甚至人格都起了怀疑，反抗的种子开始萌芽…。力弘就是在这种心情下错误地堕进迷幻的陷阱，犯下服食和藏有禁药的罪名。
　　被判社会服务令，力弘被安排到一儿童之家工作，认识了那里的社工林小敏、家长马翠花和鲁财。儿童之家收留了一群家庭有问题的小孩，力弘在小孩身上看见了成年人的问题。因为社会经济环境急剧的转变，成年人未能解决生活上、感情上的问题，成年人的固执和任性，受害的除了自己以外，却还有一群无辜的天真小孩。而小敏和翠花等人，真心地为了小孩而尽心尽力，他们的努力，换来了除了微薄的薪金之外，可能就是那些小孩的点滴欢笑，比起力弘集团工作里数以千万计的生意，像是微不足道，但却又更是无价瑰宝。力弘一直埋藏在冰窖的心，不知不觉地融化…温暖起来了…。
　　力弘本来是因被判社会服务令而进入儿童之家，但逐渐被小敏的积极助人态度感染，对各院童的遭遇寄予同情之余，当能力所及时，亦尽量加以援手，却因此与贯庭的做事方式愈多冲突。身为力弘女友的裘莉，看着力弘的转变，只觉二人之间距离渐远。力弘与父亲的不和渐次白热化，甚至决定离开东骏汇泰，贯庭表面强撑着，心里也着实受了大刺激，加上年纪渐大，已不服当年日理万机之勇，卒之病倒了。公司里的其它股东，一直觊觎着董事局的控制权，眼见不败将军胡贯庭倒下了，其子力弘又自绝于外，遂阴谋夺权…

　　女警长吕霏侠（周丽淇 饰）已过而立之年，她内心柔情外表刚毅，在爱情的道路上走的跌宕起伏。由于自小受笫一代女警、母亲毕玲珑（卢婉茵 饰）的影响，加之同班死党米家宝（朱慧敏 饰）、金瑞娜（王君馨 饰）都从警，她很热爱自己神秘又刺激的职业。自视恋爱经验丰富的霏侠刚碰上一个大挫折，即将与其结婚的男友董兆良（王浩信 饰）竟然是名在案的大毒枭，这让霏侠大跌眼镜。《响报》记者蓝一一（谢天华 饰）借此大为吵作，霏侠与他产生了过节，祸不单行，这边与蓝一一结下梁子，那边与上司司徒骄（黄智雯 饰）又发生了冲突......

　　叶亭在法国过了几年流浪生活后，重回香港，立志成为一位出色的记者，但因性格耿直和粗心大意，往往将事情弄巧反拙，也因此与其上司康子桥在工作上常起冲突，但实际上康子桥极欣赏叶亭的个性，对她渐生爱意。
　　一次采访途中，叶亭遇上曾阿财在街上称皇称帝，大发议论，叶亭好奇心起，遂与他攀谈，发掘写作题材，其后得知他的可怜遭遇，更希望借助新闻界的力量帮助曾阿财。
　　随后叶亭又偶见一少女被货车撞倒，但旋即失去伤者踪影，追查之下，得知该少女原名锺美娟，自幼随母以唱粤剧为生。美娟对唱戏本甚有天份，惜误交损友，不能自拔。其母一气病倒，恳求叶亭代为管教女儿，亭同情心起，决资助美娟学粤剧，使她重获新生。

　　「廉政行动」由五个单元故事组成，描述廉政公署执法人员如何揭发各种贪污罪行：
　　《黑白道》- 廉政公署国际执法机构连手扫毒和缉拿贪污的海关执法人员；
　　《俄罗斯轮盘》- 警务人员知法犯法，欠下贵利巨债，更与贵利集团同流合污；最后，廉署人员揭发事件，将他拘捕；
　　《人肉速递》- 廉署人员追查移民局内贪污黑手，捣破偷运妓女入境的卖淫集团；
　　《珠芒》- 描写廉署的前线工作者在工作上遭遇的矛盾和冲突，几经挣扎最终仍肩负起肃贪倡廉的使命；
　　《我是车王》- 香港犯罪集团以高科技伪造信用卡，四出撞骗，廉署人员勇破美国地下组织，擒拿幕后天才主脑。

　　面对日益严重的罪案，香港警方的组织日趋强大和现代化，警方人员的质素亦不断提高。十三集警匪单元剧「干探群英」便是描写警队中心的一组干探，在他们面对悍匪时，亦有自身的喜怒哀乐，从中揭示他们的查案经过及生活情况。
　　新任帮办欧阳锦源（关礼杰）是一学院派出身的年轻人，他初入重案组，与性格火爆的探员炸弹（甄子丹）、滋油淡定的甘旺（李成昌）格格不入，时有冲突，但在辑拿悍匪丁木（欧瑞伟）的事件中，三人发展出惺惺相惜，英雄重英雄的同胞之爱。
　　女警方静敏（何嘉丽）外刚内柔，对炸弹的粗豪性格初时颇不以为然，但对其颐指气使却逆来顺受，某次两人终于大打出手，自此以后，二人竟踏上爱情之路。
　　而干探们在屡建大功之余，在感情方面亦有进展及变化，锦源与女友分手；甘旺在一次收保护费的案中与前女友玲（商天娥）重拾旧欢。众人又对警署餐厅老板女儿Flora（刘玉翠）极尽关怀爱护，令她从罪恶边缘重回父亲怀抱。
　　最后，炸弹在一次捉拿大毒犯案中，揭发一段家庭恩怨，原来其契爷（王伟）不但是大毒枭，更是其杀父仇人！究竟炸弹能否逮捕其契爷？而众人在爱情路上是否如意？

　　金世遗一位生逢乱世的天涯孤客，亦正亦邪，人称“毒手疯丐”他处身于瞬息万变的江湖上，目睹的倾覆杀戳，被牵涉进朝廷的旋涡里，同时也被卷入武林中的大风暴，魔头和正道盟主之剧战。故事开始，明世宗为巩固朝廷政权，也为报父武宗之仇，向江湖武林人士进行迫害，利用武林盟主唐晓兰传位之日，暗中挑起江湖纷争，金世遗洞悉世宗之谋，欲向唐揭露之，唯唐因不欲武林大动干戈，惹怒世宗，不理金之提示，金独断独行，向武林正邪两派展开挑战，惹来不休止的江湖恩怨。

　　一个木偶隐藏著一段宫廷秘密，引发连场江湖杀戮。故事发生在嘉庆年间，一名江湖浪子段浪受二哥之命保护木偶，密探千色则因奉令夺取木偶而与段浪为敌。武功机智皆不及段浪的千色，因执行任务失败，导致家破人亡。然而，千色对段浪的恨意虽深，却在不知不觉中爱上段浪无法自拔。
　　此时，柔弱温婉的乐芝兰出现，与段浪情愫互生。段浪周旋於二女之间，将如何取舍？另一方面，木偶背後的阴谋渐渐揭漏，危机四伏。而狂刀左马因锺情於芝兰，对段浪心生妒意，誓言杀段浪夺芝兰，狂刀左马的妒意让段浪身处生死边缘……

　　何亚春（李影 饰）很早就失去了丈夫，独自将五个子女拉扯大，一家人不知道吃了多少的苦头，受了多少的委屈。拮据的经济迫使何亚春在牌馆出千，被抓后逃亡菲律宾，之后又遭奸人嫁祸，背负上了杀人的罪名锒铛入狱，为了子女，何亚春忍辱负重十八年，终于盼到了出狱的那一天。之后，她回到了香港，和子女团员的日子终于来临。
　　然而，相识却要比想象中残酷的多，何亚春的五个孩子，有的婚姻不幸，沾染上了赌博的恶习，有的寄人篱下，一辈子对母亲怀有怨恨，最惨的要数老三家强（钟汉良 饰），在一场意外中，他坠楼脑部受损，成为了智障。家庭四分五裂的现状让何亚春十分心痛，她决心用自己的余生去补偿孩子们。

　　故事紧接上集发展。除掉魔尊后，日童（郭晋安 饰）同裘菁菁（杨羚 饰）结为连理，可是，成亲当天，裘菁菁却被河妖捉走，尽管幸免于难，脚上却多了一个会越变越大最终危及性命的金锁。为了救妻子，日童和月童（张卫健 饰）再度踏上了旅途，寻找可以破开金锁的金斧。
　　途中，两人结识了名为段飞（吴启明 饰）的男子，三人之间结下了坚实的友谊。寻得了金斧，两人却意外放出了妖王（罗莽 饰），之后，月童和段飞均爱上了名为小蝶（刘玉翠 饰）的美丽女子，两人因此而决裂。其实，小蝶的真实身份为雀妖，在一番波折之后，她终于与月童走到了一起，正当两人沉浸在幸福之中时，段飞却杀了他们一个措手不及。

　　警员戴展硕（古天乐 饰）做事吊儿郎当，毫无责任感，使警犬Rocky十分鄙视，有灵性的Rocky故意处处刁难展硕。后来Rocky于一次行动中受重伤而不得再工作，展硕于心不忍，决定收养Rocky。
　　硕仔的邻居阿文（宣萱 饰）也是爱狗之人，却与展硕水火不容，阿文更认定是因为Rocky的关系让自己的爱犬东东失踪了。自来狗豆豆的出现慰藉了阿文的心灵。但Rocky与豆豆很快坠入了爱河，使身为主人的展硕与阿文十分头疼。阿文的好友子珊（郑秀文 饰）是展硕的房东，因为阿文的关系，与展硕之间的关系并不是很融洽。但在子珊失业失恋后，得到展硕的鼓励，两人不知不觉爱上了对方。
　　此间展硕的上司小敏（李珊珊 饰）对展硕也有了好感，令恋爱中的展硕十分苦恼。得知好友铁男（林晓峰 饰）喜欢小敏时，展硕极力鼓励铁男进行追求。
　　子珊是个事业心重的女孩，后来跟展硕分手了也是因为工作的原因。展硕在子珊离开香港进修后，与阿文共同研究宠物经验而日久生情。子珊学成归来，阿文无意中发现子珊对展硕余情未了，感觉自己抢了自己好友的男友，内心矛盾……

　　香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。
　　由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。