接着上一辑，高婕（郭可盈 饰）失忆后离开大勇（陶大宇 饰）返回了加拿大。与爱人天隔一方的大勇思念高婕心切，准备飞往加拿大。正当他准备前往加拿大时，意外得知高婕回港了。原来高婕这次回来是要前往北京去做访问，死心不惜的大勇为了唤醒爱人的记忆跟着她一起来到了北京。高婕在机上遇一个叫罗道风的人，他说认识她，令到高婕以为是他失忆前的朋友，两人于是聊了起来。殊不知一起离奇的命案就起源这一次无心的聊天！大勇这次上北京本来准备挽回高婕的爱情，岂料在北京他们却意外卷入了一起离奇的真假高婕杀人案。
蒙拾忠(尹天照)与好友阿宽(刘锡贤)，自小就对武术着迷。更因机缘下，得许远(潘志文)授武，武艺大进。可惜此事却引起大地主何国财之子炳雄(邵传勇)不满。虽经远平息，却种下祸根。忠与雄先后参予应届武秀才选举，然雄因夺魁不遂，造谣令忠失去夺标机会，而雄却因此当上武秀才。富家女查秀雯(刘锦玲)因倾慕忠武艺才智，芳心暗许，却阴差阳错下嫁给雄。此事更令忠与雄斗争推至白热化。最后雯大义灭亲将雄杀死，而自己也因此难逃劫数。忠唯有寄情江湖事。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
深受幕学大师兼养父戴有恭(刘家辉)的提携，足智多谋的周炳(马国明)因利成便加入官场的幕僚行列，不过他择善固执，不屑幕僚间的种种陋习，终日投闲置散，更不时上酒馆打发时间风花雪月，迷上善解人意的酒馆老板庄小娴(唐宁)，惹起醋坛子正妻赵玉卿(徐子珊)日夜发飊，对他穷追猛打。 有恭顾念周炳，推荐他为新官沉君博(高钧贤)作幕僚，二人经过磨合，由心生猜忌而渐成患难兄弟，但周炳却无意间发现了恩师有恭正是君博的亲生父亲，见利忘义的君博为保仕途，竟利用玉卿的秘密身份借刀杀人，周炳始发现日夕共寝多年的发妻原是朝廷派来监视自己的密探。。
一个泪痕剑诞生带着不祥预兆命运注定它杀害铸剑师萧大师（刘丹）之子萧大师虽知天命难为但爱子情切忍痛将儿子送去专营镖局司马世家自己则携剑隐居十数年后其子司马超群长大成人娶妻吴婉（杨盼盼）并成为镖局总堂主但却事受到谋事卓东来（刘兆铭）制肘时司马镖局与雄狮堂江湖上各霸一方来欲吞并雄狮堂遂派蝶舞（刘嘉玲）往雄狮堂作卧底萧大师临终时命徒儿小高（苗侨伟）下山保护群因此而遇到舞对顷慕不已来野心勃勃与群个性截然不同对群渐生杀机高受命保护群与来势不两立此时一老者出现说出群之身世；另方面为铲除群来制服高欲以取代群......
故事從創造兩個量子人工智能Kuro 和 Shiro開始：柯博士打造出兩名量子Al黑子與白子，是為了讓他們陪伴博士的漸凍人兒子一起成長。在歷經了Q18的五個單元故事之後，黑子白子逐漸學會了人性，並演化出意識與感情。他們也透過連結量子電腦與人腦，幫助漸凍症少年擄獲了愛情與友誼。 但就在這美好的烏托邦來臨時，博士卻認為科技已經失控，決定親手毁滅掉黑子與白子⋯⋯
