在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
阿逗等人历经磨难，终于消灭了通天帮，但七号厨房却永远地被摧毁了，众人黯然之余，姜无牙却神神秘秘地向众人展示了自己发明设计的移动“厨房”，一架巨型飞艇。厨房众人收拾心情，乘坐飞艇，开始踏上了全新冒险之旅。
恐怖魔王暗月神吸收两大圣物之后逐渐恢复当年的功力，他派出四大使者在武林兴风作浪，各门派要么被毁，要么倒戈拜入暗月组织门下。暗月神更命人秘密开采天外陨石，以便制造铠甲，组建一支强大的铠甲冬瓜军团。 在江湖中销声匿迹百年之久的泰山北斗长白山智者命座下弟子千雪莲找到阿逗一行人，告知他们必须集合阿逗，小晴，地瓜小黑以及千雪莲四人，练成一种奇特的阵法才能打败暗月神。
女主历经三世，第一世，初见男主，便情根深种，不顾父兄反对，执意嫁给男主，初来乍到，在森严的京城中显得格格不入，少女情怀，只想在男主面前表现出美好的一面，反而丧失了自我，在深宫中，看着男主周旋于众多女子之间，郁郁而终。第二世，重生后，因着对男主的执念，使女主再次选择嫁给他，只是这一次，她不再被动，也不再忍耐，仗着强大的家势，扫除一切靠近男主的人，只是男主看似重视她，实则只是忍耐，她并未了解真正的男主，所以得到了惨痛的教训，满门抄斩！她在最后一刻，终于死心，也终于放下。
在西天取经后的十六年，为了抢夺奇经，一群神明打破了平静，机缘之下的狼少年加入原西行团队，命运的轮盘就此转动，重返十六年的西行之路正式开启，这一次冒险是为了最初的那个梦。
古代搞笑版复仇者联盟，大凉都城风水奇异，每年都会有几个千年后的现代人穿越来，于是便爆发了穿越者与原住民的爱恨情仇。
