九头蛇受尽复仇者联盟的攻击，决定反扑，一心想要毁灭地球。以红骷髅与魔多克为首的九头蛇成员们想尽办法夺得复仇者的心智，以此阻止复仇者保卫地球。然而，复仇者们随机应变，一次次在紧要关头识破九头蛇的骗局与伪装，重新找回自己的超能力并互相配合，及时摆脱险境。超级英雄们激烈回击的作战场景，从不曾让人们失望，复仇者们永远相信，正义终将到来。
这是一个人类和魔神混居的魔法世界，降魔战争的阴霾已然散去，世界又迎来了属于它的平静一天。莉娜因巴斯（林原惠美 配音）是一名天才魔导师，从小生长在杂货店的她由于姐姐的建议，决定展开一场以世界为目的地的大冒险，谁知到，刚刚离开家乡的她便被一群盗贼盯上了。这些愚蠢的盗贼根本就不是莉娜的对手，正当莉娜准备惩奸除恶的档口，一个名为高里卡布列夫（松本保典 配音）的金发男子上演了一出英雄救美的好戏。 就这样，高里和莉娜结下了不解之缘，他们作为同伴，也作为挚友，为了追求更加精湛的魔法和剑术，开始了属于他们的旅程,与此同时，高里还在寻找着他所遗失的光之剑。有关“金色魔王”即将回归的言论在魔界中传得沸沸扬扬，眼看着一场人魔混战在所难免。
艾之墓监狱舰在皇冠城附近坠毁，羁押着霸天虎囚犯的休眠舱四散各地。丹尼和罗素父子俩住在皇冠城外，丹尼爱好收集二手机械物品，拥有一大片“废料场”。大黄蜂带领着一队年轻气盛的汽车人 - 循规蹈矩的学警铁腕、叛逆的横炮、自命不凡的恐龙机器钢锁、颇有喜感的迷你金刚黑面神，以该废料场作为基地，在父子俩的协助下，与逃出的霸天虎囚犯展开较量，将他们纷纷缉拿回舱。大黄蜂一行人和丹尼父子在一次次作战中逐渐历练成一支训练有素、深度默契的团队，捍卫着地球的和平。整部动画将延续变形金刚系列所特有的风格，充满着动作场面而不失诙谐，为孩子们带来又一场正义的冒险之旅。
摩尔收萨瓦奇为徒，随后他们一起着手组建一支军队。他们试图雇佣杭多·奥纳卡的海盗，但他们的努力遭到了绝地委员会成员欧比旺·克诺比和阿迪·加利亚的阻拦。
克隆战争进行到了第四季，故事将从纳布星球的一场水下战役开始....
在本季中，战神金刚团队将继续处理他们和Lotor的复杂关系。他们无法完全信任他，但在某些方面又离不开他（特别是情报提供方面）
