《秦时明月之君临天下》是国产大型3D动画《秦时明月》的第五部， 蒙恬出击匈奴，秦皇东巡、焚书坑儒、蜃楼东渡 、修筑长城、建兵马俑。
故事发生在明朝末年，倭寇入侵，围棋界也遭受了前所未有的撼动和打击，代表着正义的围棋精神和代表着邪恶的围棋精神激烈交锋，平静的表象之下弥漫着浓烈的硝烟。江流儿（徐刚 配音）被父亲寄养在凌云寺，在那里，江流儿展现出了杰出的围棋天赋，受到了老和尚圆德（王肖兵 配音）的赏识。 江流儿的父亲江灵运身为朝廷官员，在调查妖刀王（袁国庆 配音）通寇一案时发现了其中的蹊跷，随后被暗杀，江流儿成为了孤儿。在圆德和尚的鼓励之下，江流儿正式走入了围棋界，决心参加界内最权威的比赛——围棋国手大赛。然而，单纯善良的江流儿不谙世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋坛中的一颗炸弹，散发出了无穷的破坏力。
胡八一等人受陈教授委托，前往南海珊瑚庙岛，雇阮黑师徒乘三叉戟号赴珊瑚螺旋寻秦王照骨镜。历险后坠入归墟，于沉船内得古镜并知阮黑乃多玲仇人。脱险后休整时，突现神秘人持棍逼近守夜的明叔。
小师爷真名施野，出身于一个师爷家庭，其父为绍兴县府里一名堂堂的师爷。小师爷梦想成为一名顶天立地的师爷，并得到《师爷宝典》。然而，《师爷宝典》蕴含着中华文化的精髓，很多人想得到这本书。老师爷怕大家争夺《师爷宝典》，对小师爷不利，决定不把《师爷宝典》给小师爷。小师爷知道这个消息后，决定用自己的勇气和智慧保护《师爷宝典》。因此，一场《师爷宝典》的争夺战和保卫战开始了。最后，小师爷顺藤摸瓜，用勇气和智慧克服重重困难，最后找到了幕后神秘人，解决危机。
陕西西安邵家庄，庄主名曰邵华山。才高八斗前途无量，上至西安誉素王府，下至劳苦大众都对其敬爱有加。堂堂状元之才，却在翰林院任职一个小小编修，惨淡维生。然而，却没人知道他是华山秘派鹰蛇生死搏的秘密传人。
初三三班最调皮的“学渣”王强（邢原源 配音）和“暴躁班主任”石妙娜（王博文 配音）意外互换了身体，压迫已久的王强过了一把当班主任的瘾，石妙娜也体会到了做“学渣”的滋味。石妙娜的公开课比赛日期临近，二人急需找到换回身体的方法，却遇到重重阻碍……
在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！
以霍雨浩为首的唐门代表团，在明都参加的全大陆高级魂师大赛到了尾声。日月帝国太子徐天然为了一统大陆的野心，事先在各国参赛队伍的归途中设下埋伏。霍雨浩等人潜入日月帝国的地下仓库，使徐天然多年的筹备付之一炬。随后，霍雨浩一众在躲避日月帝国的追捕时不慎进入乾坤问情谷，开始面临真情考验。
