故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。 那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。 Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体， 在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。 但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦” 化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统， 企图从网络一侧控制人类的世界。 主人公少年·新海春， 获得了被伟大的意志引导的“App驱动”， 并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。 隐藏在“App驱动”中的谜团， 处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”， 以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？ 爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合， 奔驰于现代世界的新感觉搭档物语， 现在启动！
美乐蒂在玛莉田园开了一间蛋糕店，但自从她在森林里碰见一颗心脏后，周遭就开始接连发生怪事。与此同时，酷洛米开在对面的和菓子店总是生意惨淡，于是她决心弄清楚美乐蒂的蛋糕有什么秘密。美乐蒂和库洛米为了甜点大赛努力准备，要在国际级甜点名厨皮斯塔齐奥面前拿出好表现。不过，没人料得到这场比赛竟会牵扯出攸关玛莉田园命运的大事件。
薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
“月读”是希望与梦想交会的虚拟空间，而舞台幕布将缓缓升起，见证几位少女在此谱写短暂却珍贵的相遇篇章。 不久的未来…… 东京的 17 岁高中生酒寄彩叶过着非常忙碌的生活，努力在打工和学业之间寻找平衡。她的纾压方式是观看很有人气的月见八千代直播，八千代管理名为“月读”的线上虚拟空间。 彩叶时常光顾月读，在那里可以体验不同的人生，自由挥洒创意。她就靠着支持八千代度过空闲时间，还会玩战斗游戏赚一点外快。有一天，在回家路上，彩叶发现一根电线杆闪耀着奇异光芒，没想到电线杆里竟然凭空冒出一个可爱的宝宝。彩叶没办法随手抛弃宝宝，只好把她抱回家，眼睁睁看着她迅速长成一个跟自己同龄的少女。 “你是辉耀姬吗？” 这是你绝对不曾看过的辉耀姬物语。
犬夜叉、戈薇、弥勒、珊瑚、琥珀众人随杀生丸等同行。杀生丸原本就对父亲将铁碎牙传给犬夜叉耿耿于怀，当领悟到父亲有意令冥道残月破融进铁碎牙时心中更是充满怨恨。正值此时，神无的白夜出现，将镜妖的碎片留下。杀生丸把碎片融入天生牙，随即生出足以和铁碎牙媲美的魔刀。虽然知晓奈落企图让他们兄弟厮杀，从中渔利，但恼怒之际的杀生丸还是向犬夜叉发起攻击。在“无尽的梦境”中，这对兄弟的厮杀旋即展开。正邪铁碎牙，孰将胜出…… 本片为少年周刊Sunday创立50周年特别篇，诸星当、拉姆、乱马、犬夜叉、戈薇等多部经典漫画角色一同登场。
绝对想取消婚约的千金 vs 无论如何都想结婚的王太子，前所未闻的爱情攻防战自此揭开序幕！ 蕾蒂希亚是王太子克拉克的未婚妻，在她对宛如地狱的严苛王太子妃教育感到厌烦时，亲眼看见克拉克带著其他千金现身的场面。“殿下变心了？这也就表示婚约取消喽？万岁！”她开心地立刻躲回自家的乡下领地，享受自由自在的生活。就在此时，克拉克不知为何竟然跑到乡下来找她？ “我和你的婚约还没有取消。”……事到如今还说这种话，只会让人困扰而已耶！
